El informe consta de seis momentos:
En un primer capítulo titulado El puerto sin comunidad se muestra cómo han interactuado los actores armados con el contexto local de la ciudad. Se muestra cómo en la interacción los grupos armados ilegales (GAI) desarrollan estrategias para insertarse, controlar y financiarse en el territorio a través del uso de sofisticados mecanismos que capitalizan las consecuencias de un tipo de Estado local y Nacional que no provee ni regula bienes públicos en una ciudad puerto que es, a la vez, geoestratégica para la economía nacional y diversa culturalmente.
El segundo capítulo Crónica del conflicto armado en el puerto de Buenaventura presenta los períodos que orientaron el proceso de reconstrucción de memoria a partir de dos ejes: la trayectoria de los actores armados con sus dinámicas de disputa, y el significado otorgado por la población a cada momento temporal.
Guerra urbana, generalizada e intensa: modalidades y dimensiones de la violencia en Buenaventura, es el tercer capítulo donde se describen las distintas modalidades de violencia durante el periodo de estudio, mostrando sus transformaciones a lo largo del tiempo.
En el cuarto capítulo, titulado Terror, invisibilización y desterritorialización: repertorios de violencia en Buenaventura, donde se identifican tres repertorios de violencia: el repertorio del terror, el repertorio de la invisibilización del conflicto y el repertorio de la desterritorialización.
En Daños a las comunidades afrodescendientes en Buenaventura, se centra en las afectaciones producidas a la población por la violencia en el periodo 2000 a 2013; una exposición sobre cómo ha sido afectada cultural, social, económica y emocionalmente. Desde aquí la investigación pasa a un capítulo sexto denominado La resistencia: procesos organizativos, estrategias de sobrevivencia en el territorio, construcción de comunidades emocionales y recreación de prácticas socioculturales, donde se recogen la diversas maneras en las que la población ha hecho frente a la guerra.
Finalmente el informe presenta recomendaciones que parten del reconocimiento de los esfuerzos que han venido desarrollando diversas instituciones y organizaciones sociales, étnicas y de víctimas en pro de la transformación del contexto de vulneración de derechos humanos que se vive en la ciudad. Dichas recomendaciones se hacen en materia de diseños institucionales, en materia de realización del derecho a la justicia, en materia de realización del derecho a la verdad de las víctimas, en materia de realización del derecho a la reparación, y en materia de garantías de no repetición.